Коварная шайка плохих парней по главе с Фридой, злой мачехой Золушки решает совершить сказочный переворот во всем мире. Противостоять ей решает ее падчерица. После того как ее собственная сказка внезапно сделала «финт ушами», приняв совершенно не тот поворот сюжета, как он написан в книжке, Золушка (в простонародье Элла) организовывает группу сопротивления, чтобы дать отпор сказочным небожителям. А в это время сюжеты других сказок, которые успели изменить злодеи, становятся полностью неконтролируемыми, и обещают создать нашим героям кучу проблем...

Усаги влюбляется в Мамору Джибо, являющегося также загадочным Рыцарем Лунного Света и таинственным Такседо Маском (японский вариант - Такседо Камен). Он оберегает Сэйлор Мун и всегда приходит на помощь в нужный момент.
Появляются новые герои: Малышка Усаги, дочь Усаги и Мамору, перенёсшаяся в 20-ый век из Хрустального Токио будущего, и девушка-воин Сецуна Мейо или Сэйлор Плутон, которая в команду не вступает.
Второй сезон условно делится на две части.
Часть первая: История Дерева Темного Мира
Часть вторая: Малышка Усаги и история Тёмной Луны Немезис